LetsEncrypt с параметром webroot и обновление сертификатов

"Полуавтоматический режим" (конфигурацию веб-сервера выполняем самостоятельно):

sudo letsencrypt certonly --webroot -w /var/www/domain1/root/ -d domain1 -d www.domain1 -w /var/www/domain2/root/ -d domain2 -d www.domain2 -d m.domain2 # default location of new certificates (output from the script): /etc/letsencrypt/live/domain/

Этот же путь к сертификатам прописан в конфиге nginx: в /etc/nginx/sites-available/domain:

server {
...
    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/domain/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/domain/privkey.pem;
...
}

Обновление сертификатов (доступно после первой установки):

sudo letsencrypt renew [--force-renewal] [--agree-tos]

можно прописать в кроне как ежемесячную задачу ( чаще обновлять не рекомендуется )

Не забываем перезапустить nginx после внесения изменений в конфиг!

sudo service nginx restart